El Tribunal de Comptes actua fruit de la denúncia que les dues entitats van presentar a mitjans de maig. Aquest document sosté que “l’arxivament de la causa penal pel delicte de malversació de cabals públics” contra Mas, Ortega, Rigau i Homs “no els eximeix de què hagin de respondre per la seva responsabilitat comptable i pressupostària” perquè, segons aquestes entitats, van disposar “de fons públics per dur a terme un procés de participació ciutadana que no disposava de cobertura constitucional, legal i pressupostària”.

Segons Societat Civil i l’associació Abogados Catalanes por la Constitución, Mas, Ortega, Rigau i Homs “van ordenar, van dirigir i van facilitar la logística i mitjans materials per a la consulta il·legal disposant indegudament de fons públics per a una finalitat aliena a les competències i funcions públiques que tenien encomanades”. La denúncia no descarta que pugui estendre’s la responsabilitat comptable als alts funcionaris que s’acrediti que van col·laborar en la tramitació dels expedients administratius generadors de la despesa de la consulta il·legal.

El 2 de juny la Fiscalia es va alinear amb aquesta petició i va presentar un informe on –segons una nota de la pròpia Fiscalia- “dóna suport a l’obertura d’una investigació contra Artur Mas, Joana Ortega i Francesc Homs per determinar les seves responsabilitats per la despesa de més de cinc milions d’euros en les votacions del 9-N”. La mateixa nota recorda que el Tribunal de Comptes ha rebut la denúncia de les entitats que demanen una investigació sobre l’ús d’aquests diners públics, i apunta que en el seu informe el fiscal “demana a la Comissió de Govern el nomenament d’un delegat instructor”.

Segons l’informe de la Fiscalia del Tribunal de Comptes, els fets denunciats per les entitats “poden ser constitutius de responsabilitat comptable” perquè es pot constatar “l’existència de nombrosos pagaments efectuats amb càrrec a l’erari públic que tenien com a finalitat dur a terme la consulta del 9 de novembre del 2014”, un acte “contrari a l’ordenament jurídic”. Ho argumenta defensant que les despeses es van destinar a una finalitat “radicalment aliena a la funció pública” i per tant “sense justificació”.

El 28 de juny la Fiscalia va presentar un altre informe on s’oposava a la petició de la Generalitat de Catalunya perquè s’arxivi l’actuació els quatre exresponsables del Govern. Aleshores argumentava que cal impulsar endavant amb el procés i instava el Tribunal de Comptes a designar ja un instructor de la causa “per investigar les despeses ocasionades en motiu de la consulta” del 9-N del 2014.